Kotaro Yamafune završio je preddiplomski studij na Sveučilištu Hosei u Tokiju 2006. godine. U rujnu 2009. kreće na program arheologije broda pri odjelu za antropologiju na Sveučilištu Texas A&M, gdje dobiva titulu magistra struke u kolovozu 2012. Na istom je sveučilištu upisao i doktorski studij, koji završava u svibnju 2016. godine. Njegovi istraživački interesi uključuju brodogradnju u srednjovjekovnoj Europi i europskom dobu otkrića te rekonstrukciju broda. Fokusira se i na fotogrametrijsko snimanje potopljene kulturne baštine, uključujući i brodolome.